Mrkusova tvorba se vyznačuje použitím technologických alegorií, které slouží jako pohyblivé odkazy a zobrazují sféru virtuálních konstruktů. Jeho díla jsou žádoucí a přitažlivá, přičemž na první pohled působí racionálně a transparentně. Nicméně jsou vzdálená jednoznačným soudům, a vyznačují se prolínáním mikrosvěta a makrocelků, pracujících na analogických principech. Umělec také experimentuje s prorůstáním reality a fikce a vytváří mnohoznačný vztah mezi manipulačními metodami a interaktivitou.

Pavel Mrkus pracuje s estetikou náhody a kauzalitou dalšího řetězení, často odkazující k výzkumným metodám sociologických průzkumů a teorie vizuální komunikace. Navzdory protisměrným konotacím spojeným s globalizovaným světem a postupy digitální kultury, hlavní leitmotiv Mrkusovy tvorby spočívá v evokaci duchovních principů.

Umělec systematicky a obsedantně usiluje o dematerializaci uměleckého díla s cílem osvobodit vzácnou duchovní esenci. Jeho práce zahrnují kultivované monochromní malby, instalace, digitální tisky a sofistikované videoprojekce. Výrazné je používání prostředků jako nosiče, bez kterých by stěžejní imanentní koncept nemohl být rozehrán.

Jeho významná interaktivní videoinstalace "Space Walk" byla prezentována v Galleria Contemporaneo Mestre - Benátky v roce 2006. Tato instalace využívá komunikační mediátor, který propojuje záběry kosmu distribuované agenturou NASA s mikro příběhem individuálního vesmírného obyvatele.

Pavel Mrkus propojuje českou kulturní tradici s východními duchovními vlivy a představuje důležitou spojnici mezi globalizovaným světem a elektronickými virtuálními dimenzemi. I přesto, že je v zahraničí známější než v domovském prostředí, patří mezi výjimky české výtvarné scény, která funguje jako středoevropský solitér se svými specifiky.