Pavel Trnka se narodil 2. září 1948 v Poděbradech. Ve věku patnácti let byl silně ovlivněn obrazy Františka Kupky, které viděl na retrospektivní výstavě uspořádané v Dobrušce roku 1963. Zároveň ho intenzivně oslovila krása funkcionalistické architektury v Hradci Králové, což později ovlivnilo jeho sklony k čistým geometrickým tvarům ve vlastní tvorbě. V letech 1963-1967 studoval na Střední uměleckoprůmyslové škole sklářské v Železném Brodě, následně pokračoval v letech 1967-1973 na Vysoké škole uměleckoprůmyslové v Praze v ateliéru prof. Stanislava Libenského.

Pavel Trnka se věnoval nejen vlastní tvorbě, ale také pedagogické činnosti. Vedl experimentální výuku na základních školách v letech 1974-1976 a 1996-1997. Mezi lety 2000 až 2004 působil jako pedagog designu, kreslení a modelování na Střední uměleckoprůmyslové škole sklářské v Kamenickém Šenově. V období od roku 1997 do roku 1999 učil na Základní umělecké škole v Praze 4.

Roku 2004 se vydal do Japonska, kde až do roku 2008 působil jako profesor na Toyama City Institute of Glass Art, specializující se na studené sklářské techniky. Tímto krokem navázal na tradici výuky českých sklářů v této oblasti, kterou roku 1991 zahájil Vladimír Klein. Roku 2008 vedl workshop ve Španělsku na Real Fábrica de Cristales de la Granja v San Idelfonso.