Eduard Milén se narodil 18. března 1891 ve Frýdštejně u Turnova. Po absolvování obecné školy v Bezděčíně přešel na měšťanskou školu v Turnově. Následně navštěvoval odbornou školu zlatnickou v Turnově a poté se přesunul do Prahy, kde studoval na Uměleckoprůmyslové škole (UMPRUM). Po čtyřletém studiu u profesora Emanuela Dítěte a ve speciálce u profesora Jakuba Schikanedera přestoupil na Akademii výtvarných umění, kde se věnoval malbě a grafice pod vedením profesora Maxe Švabinského.

Během první světové války sloužil v Dalmácii a následně v Sedmihradsku. Po válce se usadil v Brně, kde v roce 1919 začal pracovat jako kreslíř pro svazek Lidových novin. Tuto práci vykonával až do roku 1940, kdy odešel na Školu umění během okupace. Po druhé světové válce se na krátkou dobu vrátil do Lidových novin, ale od roku 1946 byl pověřen přednáškami výtvarné výchovy na pedagogické fakultě Masarykovy univerzity v Brně. V roce 1948 byl jmenován řádným profesorem a od roku 1956 působil jako profesor umělecké tvorby na fakultě filosofické.

Eduard Milén se věnoval různým uměleckým disciplínám, včetně malby, volné a užité grafiky, ilustrací, typografie a známkové tvorby. Jeho malířský styl vycházel z pozdního impresionismu. Věnoval se perokresbě, akvarelu a grafice. Často zobrazoval město Brno se všemi jeho rysy a životem. Jeho pohled na město byl moderní a změnil tradiční pojetí veduty.

Eduard Milén byl aktivním členem Skupiny výtvarných umělců v Brně od roku 1922 a později se stal spoluzakladatelem Svazu československých výtvarných umělců. Byl také členem Sdružení českých umělců grafiků Hollar.

Ve 40. letech 20. století vytvořil tři unikátní vitráže pro nemocniční kapli v Novém Městě na Moravě. Jeho díla jsou součástí sbírek Národní galerie v Praze, Moravské galerie v Brně, Galerie muzea města Brna, Galerie hlavního města Prahy, Oblastní galerie v Liberci, Oblastní galerie ve Zlíně a Moravského muzea v Brně. Horácká galerie v Novém Městě na Moravě má ve svých sbírkách dvanáct děl tohoto umělce, například obraz s názvem "Váza kyticí."

Eduard Milén zemřel 19. května 1976 v Brně.