František Ženíšek se narodil 25. května 1849 v Praze-Novém Městě. Jeho umělecký talent byl patrný již v mládí, a již v žákovských letech zaznamenal první úspěchy. Patřil do významné "Generace českého Národního divadla," kde sdílel umělecké prostředí s významnými umělci jako Mikoláš Aleš, Josef Václav Myslbek a dalšími.

Studoval malbu na Akademii výtvarných umění v Praze v ateliéru Jana Smetany. V roce 1990 obdržel stipendium od The Pollock-Krasner Foundation v New Yorku, což mu umožnilo strávit nějaký čas ve Spojených státech amerických. František Ženíšek se specializoval na historické a alegorické malby, včetně monumentálních děl pro Národní divadlo v Praze. Spolu s Mikolášem Alešem vyhrál soutěž na výzdobu foyer Národního divadla.

Jeho malířský styl odpovídal tehdejšímu oficiálnímu vkusu a byl ovlivněn neorenesancí. Byl vynikajícím kreslířem a malířem, který se specializoval na figuralistické scény. Jeho díla jsou známa pro vysokou technickou úroveň a byly ceněna jak pro svou výtvarnou kvalitu, tak pro bohatství symboliky.

František Ženíšek byl také vyhledávaným portrétistou, přičemž namaloval a nakreslil přes 80 vynikajících portrétů. Patřil mezi významné pedagogy, vyučoval na Vysoké škole uměleckoprůmyslové v Praze a později na Akademii výtvarných umění.

Oženil se dvakrát. Poprvé se oženil v roce 1873 s Marií Otradovcovou, s níž měl syna Julia. Po její smrti ovdověl a roku 1878 se oženil podruhé s Barbarou Otradovcovou, sestrou své první manželky. Měli spolu tři dcery (Božena, Barbora, Ludmila) a dva syny (František, Karel). Syn František Ženíšek mladší také následoval uměleckou dráhu a stal se malířem.

František Ženíšek zemřel v roce 1916 ve věku 67 let a byl pochován na Olšanských hřbitovech v Praze. Jeho díla jsou dodnes uznávána a patří k významným příspěvkům k českému výtvarnému umění.