Martin Mainer se narodil 31. října 1959 v Ostravě-Havířově. Navštěvoval Základní školu Gorkého v Havířově v letech 1965 až 1974 a poté Gymnázium Tajovského v Havířově v letech 1974 až 1978. Vysokou školu uměleckoprůmyslovou v Praze absolvoval v letech 1978 až 1981, kde studoval obor textilního výtvarnictví. Později přešel na Akademii výtvarných umění v Praze, kde studoval u profesora Arnošta Paderlíka.

Po skončení studií začal Mainer vystavovat svá díla na vlastních výstavách. V roce 1993 strávil půl roku ve švýcarské Scuole. Téhož roku obdržel Cenu Jindřicha Chalupeckého, což mu umožnilo získat stipendium v Saualitu ve Spojených státech amerických. Během roku 1994 pobýval čtyři měsíce v New Yorku, Kalifornii a Novém Mexiku, kde se setkal s hinduistickým guru Ram Dassem, jenž měl zásadní vliv na jeho duchovní směřování. V roce 1998 začal učit na Fakultě výtvarných umění Vysokého učení technického v Brně a od roku 2012 vede vlastní ateliér malby na Akademii výtvarných umění v Praze. Mainer je otcem tří dcer.