Josef Mathauser se narodil 24. července 1846 ve Staňkově. Jeho otec Ondřej Mathauser byl pekařským mistrem a matka se jmenovala Ludmila, rozená Anderlová. Mladší bratr Josefa, Karel, se stal klempířem v Praze. Josef Mathauser se pravděpodobně vyučil monumentální malbě na Akademii výtvarných umění v Praze pod vedením profesora Kristiána Rubena. Dne 22. listopadu 1875 se v Praze oženil s Antonií Jenčovou, narozenou v roce 1854.

Josef Mathauser je známý především svými portréty, náboženskými a historickými obrazy. Mezi jeho nejznámější díla patří "Trh s otrokyněmi" a historické obrazy jako "Libušin soud", "Bitva na Bílé Hoře", "Žižka před Kutnou Horou", "Slavný vjezd krále Jana do Prahy 1310", "Císař Rudolf II. podpisuje majestát", "Jan Žižka s knězem Václavem Korandou" a mnoho dalších. Odhaduje se, že během svého života vytvořil kolem 300 historických obrazů, které často sloužily jako předlohy pro reprodukce a pohlednice.

Josef Mathauser zemřel 10. ledna 1917 v Praze-Vinohradech a je pohřben na Vinohradském hřbitově v Praze.