Emil Sekal se narodil 12. července 1923 v Praze. V letech 1934–1941 absolvoval reálné gymnázium a obchodní akademii a krátce poté pracoval jako praktikant v nakladatelství Topič. Roku 1941 byl zatčen za šíření letáků levicové protinacistické skupiny a strávil tři roky ve vězeních v Praze na Pankráci, Malé pevnosti v Terezíně a Mauthausenu.

Po válce, v roce 1945, byl přijat ke studiu na Vysokou školu uměleckoprůmyslovou (VŠUP) do ateliéru profesora Františka Tichého. Během studií se spřátelil s umělci jako Mikuláš Medek, Stanislav Podhrázský, Jaroslav Lehoučka a Zdeněk Palcr. Na zájezdu do Paříže v roce 1947, který organizoval profesor Nebeský, navštívil Mezinárodní výstavu surrealismu, kde ho silně ovlivnily instalace s reminiscencemi války a malby J. Dubuffeta. Zde také poznal Toyen.

Po studiích na VŠUP pokračoval v ateliéru profesora Františka Muziky a profesora Emila Filly, ale v roce 1950 opustil školu bez diplomu, aby se vyhnul politicky motivovaným státním zkouškám. Během 50. let žil v Bratislavě a živil se překlady. Navštívil Moskvu, Leningrad, Varšavu a Gdaňsk. Po okupaci v srpnu 1968 emigroval nejprve do Berlína, pak do Düsseldorfu a nakonec se roku 1970 usadil ve Vídni.

V letech 1972–1974 vyučoval na Staatliche Akademie der Bildenden Künste ve Stuttgartu. Od roku 1974 do počátku 80. let byl členem Wiener Secession a v Rakousku obdržel roku 1984 cenu města Vídně za sochařství. Po roce 1989 byly jeho práce vystaveny v Brně, Opavě, Bratislavě (1992–1993) a na velké retrospektivní výstavě GHMP v Městské knihovně v Praze (1997). Národní galerie v Praze ve Veletržním paláci rekonstruovala roku 2014 Sekalův vídeňský ateliér a vystavuje ho ve stálé expozici spolu s velkým souborem Sekalových soch.

První Sekalovy kresby ovlivněné kubismem a expresionismem vznikaly v letech 1940–1941 a během věznění za války. Po válce začal sochařskou tvorbu, v níž často reflektoval těžké období války. Od 60. let zjednodušoval a deformoval tvary, přičemž v některých dílech byly patrné inspirace surrealismem a informelem. Jeho osobitým typem díla jsou tzv. "schránky" – geometrické konstrukce z dřevěných latí, které začal tvořit od poloviny 80. let.

Emil Sekal zemřel 24. února 1998 ve Vídni, ale jeho výrazné sochařské dílo a odkaz pokračují v jeho žáci a v expozicích po celém světě.