Ota Bubeníček se narodil 31. října 1871 v Uhříněvsi. Pocházel z umělecky založené rodiny řídícího učitele Josefa Bubeníčka a byl nejmladším z šesti dětí. Původně pracoval jako litograf v pražském Haasově grafickém závodě, ale v letech 1899–1904 vystudoval Akademii výtvarných umění v Praze. Během svého studia na Akademii byl ovlivněn dílem Julia Mařáka, ale měl možnost studovat u něj pouze jeden rok. Také čerpal z rad a tvorby profesorů Antonína Slavíčka a Rudolfa von Ottenfelda.

Bubeníčkova díla se většinou zaměřovala na českou krajinu. Jeho obrazy často zobrazovaly chalupy, stromy, rybníky a pole. Maloval v duchu realismu, s důrazem na neporušený charakter přírody a bohatou barevnost. Jeho díla z této doby slouží také jako dokumentární záznamy české krajiny. Bubeníček byl také vášnivým loutkářem; v roce 1914 se stal jedním ze zakladatelů Loutkového divadla Umělecké výchovy na Vinohradech, kde kromě herectví navrhoval dekorace k inscenacím.

První světová válka přerušila jeho uměleckou kariéru, kdy byl přidělen k restaurování poničených fresek a k znovuzřízení vnitřku kostela sv. Mikuláše v Praze. Po válce strávil nějaký čas na Slovensku, ale většinou maloval v Česku. V roce 1943, během druhé světové války, byl zatčen gestapem a vyslýchán.

Ota Bubeníček zemřel 10. září 1962 v Mladé Vožici. Jeho dílo a přínos k českému umění a loutkářství zůstává významným dodnes.